In Liberty City Stories steuert der Spieler den Kleinkriminellen Toni Cipriani, der für eine lange Zeit untertauchen musste, nachdem er einen feindlichen Mafiaboss kaltblütig ermordet hatte. Nun, im Jahre 1998, ist er zurück in der fiktiven Metropole Liberty City, um einige offene Rechnungen zu begleichen. Ziel seiner "Familie" (die Leones) ist es, Großmacht von Liberty City zu werden. Um dies zu erreichen, muss Toni Cipriani unter anderem Aufträge von Salvatore Leone durchführen. Leider haben diese Missionen zunächst nicht die gewünschte Wirkung.

Der Bürgermeister von Liberty City, der von einer gegnerischen Mafiafamilie bezahlt wird, reagiert auf die Missionen in Portland (der ersten Insel in Liberty City) mit öffentlichem Druck und verstärkt die Ermittlungen durch die Polizei. Salvatore Leone taucht in Staunton Island (der zweiten Insel) unter und versucht nun mit Toni Ciprianis Hilfe einen eigenen Kandidaten für das Bürgermeisteramt in dessen Wahlkampf zu unterstützen. Doch gerade die Verbindung zu Toni Cipriani wird dem Bewerber zum Verhängnis und dieser verliert die Wahlen. Salvatore Leone wird nun verhaftet und in Untersuchungshaft in Shoreside Vale (der dritten Insel) gesteckt. Im Gefängnis gibt er Toni Cipriani den Auftrag zur Ermordung zweier Mafiabosse. Zusätzlich gelingt es den beiden, den neuen Bürgermeister aus den Händen des dritten Mafiabosses zu befreien und letzteren zu töten. Salvatore Leone hofft, dass der Bürgermeister die Ermittlungen zu seinen Gunsten beeinflussen wird, da der Bürgermeister nun in seiner Schuld steht.

Einen interessanten Nebenhandlungsstrang bildet die Beziehung zwischen der Hauptfigur und seiner Mutter, die nicht gerade stolz auf ihren Sohn ist – nicht weil er kriminell ist, sondern weil er kein bedeutender Verbrecher ist.